Discover robert-koch-institut/mex-extractors Open Source project

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Language
Python
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MIT License
Created 11 months ago
Updated 3 months ago

robert-koch-institut

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RKI Metadata Exchange | Collection of ETL-pipelines to get metadata from various sources, transform it into a common format and load it into configurable sinks.

COVID-19-Impfungen_in_Deutschland

Die COVID-19-Impfung kann einen Wendepunkt in der Kontrolle der COVID-19-Pandemie darstellen und erfährt daher hohes Maß an öffentlicher Aufmerksamkeit. Einführung und Umsetzung der COVID-19-Impfung gehen mit besonderen Herausforderungen einher, die bei der Impfdatenerfassung zu berücksichtigen sind. In diesem Kontext ist es Ziel des Projekts 'D...

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COVID-19-Hospitalisierungen_in_Deutschland

Im Datensatz 'COVID-19-Hospitalisierungen' werden die aktuellen Zahlen der nach den Vorgaben des Infektionsschutzgesetzes - IfSG - erfassten hospitalisierten COVID-19-Fälle bereitgestellt.

SARS-CoV-2-Infektionen_in_Deutschland_Archiv

Der vorliegende Datansatz enthält umfassende Informationen zu SARS-CoV-2-Infektionen in Deutschland, die gemäß dem Infektionsschutzgesetze (IfSG) von den Gesundheitsämtern an das Robert Koch-Institut (RKI) gemeldet wurden. Die Daten umfassen Informationen zur Anzahl der bestätigten Fälle, Todesfälle und Genesungen.

SARS-CoV-2-Nowcasting_und_-R-Schaetzung

Das Nowcasting erstellt eine Schätzung des Verlaufs der Anzahl von bereits erfolgten SARS-CoV-2-Erkrankungsfällen in Deutschland unter Berücksichtigung des Diagnose-, Melde- und Übermittlungsverzugs.

SARS-CoV-2-Sequenzdaten_aus_Deutschland

Ein zentraler Bestandteil einer erfolgreichen Erregersurveillance ist das Verständnis der Verbreitung eines Erregers sowie seiner pathogenen Eigenschaften. Hierbei stellt das Wissen über das Erregergenom eine wichtige Informationsquelle dar. So erlaubt der Nachweis von Mutationen im Genom eines Erregers, Verwandtschaftsbeziehungen zu rekonstruie...

SARS-CoV-2-Infektionen_in_Deutschland

mex-common

RKI Metadata Exchange | Software development toolkit for the MEx project that contains utilities for building pipelines and services, including shared code for logging, configuration and data models.

Python

COVID-19_7-Tage-Inzidenz_in_Deutschland

Im Datensatz '7-Tage-Inzidenz von COVID-19 in Deutschland' werden die aktuellen 7-Tage-Inzidenzen der nach den Vorgaben des Infektionsschutzgesetzes - IfSG - an das RKI übermittelten COVID-19-Fälle veröffentlicht. Datengrundlage zur Berechnung der 7-Tage-Inzidenzen sind die an das RKI übermittelten COVID-19-Fälle. Eine detaillierte Dokumentation...

GrippeWeb_Daten_des_Wochenberichts

GrippeWeb ist ein Online-Portal des Robert Koch-Instituts (RKI). Es wurde im Jahr 2011 gegründet und ist das erste Webportal, das die Aktivität akuter Atemwegserkrankungen (ARE) in Deutschland beobachtet, und dabei Informationen direkt aus der Bevölkerung verwendet.

Gesundheit_in_Deutschland_Aktuell

Die Studie 'Gesundheit in Deutschland aktuell' (GEDA) ist eine Querschnittbefragung der deutschsprachigen erwachsenen Wohnbevölkerung im Alter ab 15 Jahren, die regelmäßig vom Robert Koch-Institut als Komponente des bundesweiten Gesundheitsmonitorings durchgeführt wird. [...]

German_Index_of_Socioeconomic_Deprivation_GISD

Der German Index of Socioeconomic Deprivation (GISD) ist ein am Robert Koch-Institut entwickelter Index zur Erfassung regionaler sozioökonomischer Benachteiligung. Er wird verwendet, um regionale sozioökonomische Ungleichheiten in der Gesundheit sichtbar zu machen und Ansatzpunkte zur Erklärung regionaler Unterschiede in der Gesundheit aufzeigen.

COVID-19-Todesfaelle_in_Deutschland

Im Datensatz 'COVID-19-Todesfälle in Deutschland' werden die Todesfälle in Bezug auf COVID-19 in Deutschland bereitgestellt. Darüber hinaus wird neben der Anzahl der übermittelten Todesfälle der Fall-Verstorbenen-Anteil berechnet. Angaben zum Tod zählen zu den melde- und übermittlungspflichtigen Inhalten. Bei der Ermittlung von Todesfällen und d...

Intensivkapazitaeten_und_COVID-19-Intensivbettenbelegung_in_Deutschland

Das Intensivregister (www.intensivregister.de) ist eine digitale Plattform zur Echtzeiterfassung von intensivmedizinischen Behandlungs- und Bettenkapazitäten sowie den Fallzahlen intensivmedizinisch behandelter COVID-19-Patient:innen der etwa 1.300 Akut-Krankenhäuser Deutschlands. Bis 12 Uhr ist die tägliche Meldung laut Verordnung für die Krank...

mex-model

RKI Metadata Exchange | Metadata model in JSON schema format to facilitate interoperability and formalize the technical implementation in MEx applications.

Makefile

mex-drop

RKI Metadata Exchange | API and GUI micro service for distributing metadata items before it gets picked up by ETL-pipelines for further processing.

Python

Corona-Datenspende_Teildatensatz_Vitaldaten

Die Daten von Fitnessarmbändern und SmartwatchesDie Daten von Fitnessarmbändern und Smartwatches, sogenannten Wearables, können Hinweise auf Symptome einer COVID-19 Erkrankung liefern. Mit Hilfe der Corona-Datenspende-App (CDA) konnten Bürger:innen dem Robert Koch-Institut solche Daten für wissenschaftliche Zwecke zur Verfügung stellen.

Abwassersurveillance_AMELAG

Das Vorhaben „Abwassermonitoring für die epidemiologische Lagebewertung“ (AMELAG) läuft vom 22.11.2022 bis zum 31.12.2024. Behörden, Kläranlagen und Labore arbeiten zusammen, um Proben zu nehmen, zu analysieren und zu bewerten. Das Ziel dieses Vorhabens ist es, SARS-CoV-2-Nachweise aus dem Abwasser als zusätzlichen Indikator zur epidemiologische...

ARE-Konsultationsinzidenz

Zur Einschätzung der Krankheitslast akuter Atemwegsinfektionen im ambulanten Bereich wird die Inzidenz der Arztbesuche wegen einer akuten respiratorischen Erkrankung pro 100.000 Einwohner mit Daten aus einem Netzwerk primärversorgender Praxen in Deutschland wöchentlich berechnet (ARE-Konsultationsinzidenz).

Bundesweiter_klinischer_Krebsregisterdatensatz-Datenschema_und_Klassifikationen

Das Repository stellt Informationen zu Struktur und Klassifikationen des bundesweiten klinischen Krebsregisterdatensatzes bereit. Die verwendeten Klassifikationen bilden den derzeitigen Arbeitsstand des ZfKD ab. Ziel ist es, diesen Stand transparent bereit zu stellen und beteiligte Akteure zur gemeinsamen Harmonisierung von Standards einzuladen.

SARS-CoV-2-PCR-Testungen_in_Deutschland

Im Rahmen der Bewältigung der COVID-19-Pandemie spielt die Diagnostik hinsichtlich SARS-CoV-2/COVID-19 eine entscheidende Rolle. Die Bedeutung liegt nicht nur in der diagnostischen Abklärung, sondern hat eine herausragende Stellung auch für die Beurteilung der epidemiologischen Entwicklung und hinsichtlich Strategien zur Verlangsamung des aktuellen Geschehens in Deutschland. Die Erfassung der durchgeführten PCR-Tests sowie die Ermittlung des Anteils der SARS-CoV-2 positiven PCR-Tests ermöglichen eine Einschätzung zur Wirksamkeit der Maßnahmen und der Umsetzung der Teststrategie. Vor diesem Hintergrund werden im Datensatz an das RKI übermittelte Daten zu PCR-Testungen, PCR-Testergebnissen und Testkapazitäten in Deutschland als offene Daten bereitgestellt.

mex-release

RKI Metadata Exchange | Releaser tool to create a new release, including changelog rollover, project version bump, commit, tag and push.

Python

mex-backend

RKI Metadata Exchange | REST-API backend application for ingesting data from ETL-pipelines, enriching data from an editor application or collecting data for publishing purposes.

Python

COVID-ARE-Konsultationsinzidenz

Zur Einschätzung der Krankheitslast symptomatischer Atemwegsinfektionen im ambulanten Bereich wird die Inzidenz der Arztbesuche wegen einer akuten respiratorischen Erkrankung mit zusätzlicher COVID-19-Diagnose pro 100.000 Einwohner mithilfe von Daten aus dem SEED(ARE)-Modul der Arbeitsgemeinschaft Influenza wöchentlich berechnet (COVID-ARE-Konsu...

OpenData-Website

Das RKI stellt in GitHub offene Datensätze zur Nachnutzung bereit. Für mit GitHub weniger vertraute Nutzer:innen stellt die Nutzung von GitHub jedoch teilweise eine Herausfoderung dar. Um diesen einen niederschwelligen Zugang zu den bereitgestellten Daten und Kontextinformationen zu bieten, haben wir auf Basis von GitHub-Actions ein Deployment von Datensatz eigenen Websites über GitHub-Pages entwickelt. Die Datensatz-Websites orientiert sich an der Cooperate Identity des RKI, ermöglicht das einfache Herunterladen von Daten und das schnelle erfassen der Datensatzdokumentation. Für die FAIRness der Nachnutzung werden ebenfalls Kernelement, wie Lizenz und Zitationsinformationen, angezeigt.

JavaScript

Metadaten_fuer_GovData

Das Repository stellt metadaten für GovData.de bereit. Die Metadaten werden bei Aktualisierung in den Datensätzen automatisch im Repository hinterlegt und und in der `Robert_Koch-Institut_DCAT-AP-DE.ttl` zusammengeführt.

Daten_der_Notaufnahmesurveillance

Der Datensatz 'Notaufnahmesurveillance' enthält aggregierte Daten der Routinedokumentation aus einer Auswahl deutscher Notaufnahmen aus dem AKTIN-Notaufnahmeregister und bildet die Grundlage für die Notaufnahmesurveillance am RKI.

mex-template

RKI Metadata Exchange | Cookiecutter template to make starting a new python project easier and to keep boilerplate files harmonized using cruft.

Makefile

mex-editor

RKI Metadata Exchange | Browser application that allows creating and editing rules to non-destructively manipulate metadata even as it automatically updates.

Python

ESI-CorA_SARS-CoV-2-Abwassersurveillance

Das Vorhaben „Emergency Support Instrument - Nachweis von SARS-CoV-2 im Abwasser“ (ESI-CorA) lief von November 2021 bis März 2023. Zwanzig Kläranlagenstandorte wurden in Deutschland ausgewählt, die im Februar 2022 gestaffelt mit der Überwachung von SARS-CoV-2 im Abwasser begonnen haben...

Corona-Datenspende_Teildatensatz_Erleben_und_Verhalten_in_der_Pandemie

Die Daten von Fitnessarmbändern und Smartwatches, sogenannten Wearables, können Hinweise auf Symptome einer Infektion mit COVID-19 liefern. Mit Hilfe der Corona-Datenspende-App (CDA) können Bürger:innen dem Robert Koch-Institut diese Daten zur wissenschaftlichen Auswertung zur Verfügung stellen. Zusammen mit Informationen aus anderen Quellen, z.B.

BURDEN_2020_-_Krankheitslast_in_Deutschland_und_seinen_Regionen

Kennzahlen der Krankheitslast (engl. Burden of Disease) rücken für eine Vielzahl von Anwendungsmöglichkeiten, unter anderem im Öffentlichen Gesundheitsdienst des Bundes und der Länder, in Forschung, Entwicklung und anderen Bereichen des Gesundheitswesens, zunehmend in den Vordergrund. Sie erfassen den Gesundheitszustand einer Bevölkerung mit Hilfe

Appendix_Potential_COVID-19_test_fraud_detection

The methods and results of the publication "Potential COVID-19 test fraud detection: Findings from a pilot study comparing conventional and statistical approaches" are described in more detail in this appendix. The R-syntax for the calculation is provided, as well as a pseudo data set with which the syntax can also be tested.

Hochfrequente_Mental_Health_Surveillance

Im Rahmen der Mental Health Surveillance (MHS) am Robert Koch-Institut (RKI) werden für eine Auswahl an Indikatoren der psychischen Gesundheit von Erwachsenen basierend auf Surveydaten Zeitreihen bestehend aus gleitenden Drei-Monats-Schätzern und Glättungskurven berechnet. Dadurch sollen Entwicklungen in der psychischen Gesundheit der erwachsene...

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