生物信息学入门最佳实践
首先通过去可视化方法来熟练使用基于linux系统的服务器，在此基础上实践两三个NGS组学数据分析流程，实践过程需要学习获得数据格式，数据库资源等生物信息学背景。基再学习perl/python/R的编程基础，并应用于NGS组学数据分析的下游，个性化分析。
服务器使用
基本配置是8G内存+0.5T硬盘(配置不达标问题也不大)，系统可以是ubuntu,centos等linux系统，或者 MAC，或者改进版的Windows系统。
linux系统
基本上不太可能有个人用户用这个系统，略过
MAC系统
如果是苹果电脑，那么非常适合做生物信息学数据分析。需要安装brew,textwranger,filezilla
windows电脑
大多数人都是这个操作系统，如果是Windows10系统，那么开始其内置的ubuntu即可。如果是其它Windows版本，就需要安装虚拟机，在虚拟机里面安装ubuntu,centos等linux系统。
对于Windows用户还需要下载安装好 xshell,winscp,everything,notepad++,git或者同等功能的软件。
三系统共用软件
无论是哪种电脑操作系统，都需要安装anaconda,pycharm,R/Rstudio,typora
上面提到的软件的简介和部分网址如下：
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anaconda 为了学习Python，conda自带科学计算的python包(安装Python3.6.x版本的)；
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pycharm community(三平台通用的 ),Python学习的IDE(社区版）；
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git 虚拟shell界面，为了在window下使用一些shell命令，自带Perl;
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R/Rstudio 为了学习R语言来进行数据处理和统计绘图(安装最新版本)；
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Xshell 远程连接服务器 （安装时点击免费版） ；
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Winscp 为了本地与远程服务器间安全的复制文件；
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Xming 为了图形化显示远程服务器的应用、显示图片、浏览器等；
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Vmware 为了在windows下面安装Linux虚拟机，同时选择一个国内镜像下载自己喜欢的Linux版本ios镜像;
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Everything 为了可以在windows下快速找到文件；
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notepad++ 为了可以在windows下编写脚本或查看文本文件；
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ActiveState/Strawberry Perl 为了在windows下学习Perl，但git自带Perl，可以选择不安装；
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有道/为知云笔记/印象笔记 记录学习笔记，构建知识体系(建议使用两个云笔记软件，一个用于原创，一个用于网络资料收集);
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typora 学习markdown语法，查看老师提供的md格式的讲义；
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miniconda https://conda.io/miniconda.html
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虚拟机管理工具 vmware workstation https://www.vmware.com/products/workstation.html
去可视化熟悉linux命令
- 鸟哥的linux私房菜 （入门重点看4-12章即可）
- 在线查询linux命令
- 在线学习网站
生物信息入门基本知识
数据产生
- 产生方式
- arrary
- genome tiling arrary
- high throughput sequencing
- snp arrary
- protein arrary
- 数据种类
- expression profiling
- genome binding/occupancy profiling
- genome variation profiling
- methylation profiling
- non coding rna profiling
- protein profiling
- snp genotyping
- 二代测序
- 454
- SOLiD
- illumina https://www.illumina.com.cn/ 给出illumina官网的地址是因为里面资料很多。
- 三代测序
- PacBio RS
- Nanopore MinlON
数据存储类型
- 学习网址 https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html
- FASTA
- FASTQ
- GFF/GTF
- SAM
- BAM
- CRAM
- VCF
- 其他
数据库资源
- 拟南芥
- TAIR https://www.arabidopsis.org/
- araport https://www.araport.org/
- 水稻
- 其他物种
- NCBI
- ENSEMBL
- 在线学习 https://www.ebi.ac.uk/training/online/
- EnsemblPlants http://plants.ensembl.org/index.htmls
- 蛋白
- 生物信息工具查询网站
生物信息统计入门基础
- 基本概念
- 统计方法
- 实现方法
- 结果可视化
- 相关软件算法实现
编程基础
- Linux shell
- R http://www.sthda.com/english/
- Python
- 机器学习
- 在线课程
生物学基础知识
- 基因组相关
- 转录组相关
- 表观组相关
- 在线课程网站
- coursera https://www.coursera.org/
- edX https://courses.edx.org/
思维导图
