cran/limma cran/limma

  • Stars
    star
    9
  • Rank 1,876,010 (Top 39 %)
  • Language
    R
  • Created about 10 years ago
  • Updated about 10 years ago
Twitter logo Share LinkedIn logo Share Facebook logo Share
cran/limma
github

cran

Reviews

There are no reviews yet. Be the first to send feedback to the community and the maintainers!

Repository Details

Linear Models for Microarray Data

More Repositories

1

glmnet

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. glmnet — Lasso and Elastic-Net Regularized Generalized Linear Models. Homepage: https://glmnet.stanford.edu
C++
62
star
2

AppliedPredictiveModeling

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. AppliedPredictiveModeling — Functions and Data Sets for 'Applied Predictive Modeling'. Homepage: http://appliedpredictivemodeling.com/
R
55
star
3

bnlearn

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. bnlearn — Bayesian Network Structure Learning, Parameter Learning and Inference. Homepage: https://www.bnlearn.com/
C
50
star
4

WGCNA

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. WGCNA — Weighted Correlation Network Analysis. Homepage: http://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/
R
44
star
5

psych

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. psych — Procedures for Psychological, Psychometric, and Personality Research. Homepage: https://personality-project.org/r/psych/ https://personality-project.org/r/psych-manual.pdf
R
43
star
6

randomForest

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. randomForest — Breiman and Cutler's Random Forests for Classification and Regression. Homepage: https://www.stat.berkeley.edu/~breiman/RandomForests/
C
41
star
7

stargazer

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. stargazer — Well-Formatted Regression and Summary Statistics Tables
R
32
star
8

bsts

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. bsts — Bayesian Structural Time Series
R
31
star
9

MendelianRandomization

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. MendelianRandomization — Mendelian Randomization Package
R
30
star
10

pcalg

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. pcalg — Methods for Graphical Models and Causal Inference. Homepage: http://pcalg.r-forge.r-project.org/
R
27
star
11

mgcv

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. mgcv — Mixed GAM Computation Vehicle with Automatic Smoothness Estimation
R
26
star
12

metagear

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. metagear — Comprehensive Research Synthesis Tools for Systematic Reviews and Meta-Analysis. Homepage: http://lajeunesse.myweb.usf.edu/ https://github.com/mjlajeunesse/ https://www.youtube.com/c/LajeunesseLab/
R
26
star
13

rugarch

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. rugarch — Univariate GARCH Models. Homepage: http://www.unstarched.net, https://github.com/alexiosg/rugarch
R
25
star
14

raster

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. raster — Geographic Data Analysis and Modeling. Homepage: https://rspatial.org/raster Report bugs for this package: https://github.com/rspatial/raster/issues/
R
24
star
15

deepnet

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. deepnet — Deep Learning Toolkit in R
R
24
star
16

e1071

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. e1071 — Misc Functions of the Department of Statistics, Probability Theory Group (Formerly: E1071), TU Wien
R
23
star
17

pracma

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. pracma — Practical Numerical Math Functions
R
22
star
18

survey

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. survey — Analysis of Complex Survey Samples. Homepage: http://r-survey.r-forge.r-project.org/survey/
R
21
star
19

ChannelAttribution

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. ChannelAttribution — Markov Model for Online Multi-Channel Attribution. Homepage: https://channelattribution.io
C++
21
star
20

fda

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. fda — Functional Data Analysis. Homepage: http://www.functionaldata.org
R
20
star
21

smbinning

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. smbinning — Scoring Modeling and Optimal Binning
R
20
star
22

MASS

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. MASS — Support Functions and Datasets for Venables and Ripley's MASS. Homepage: http://www.stats.ox.ac.uk/pub/MASS4/
R
19
star
23

kernlab

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. kernlab — Kernel-Based Machine Learning Lab
R
19
star
24

rpart

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. rpart — Recursive Partitioning and Regression Trees. Homepage: https://github.com/bethatkinson/rpart, https://cran.r-project.org/package=rpart Report bugs for this package: https://github.com/bethatkinson/rpart/issues
C
19
star
25

PNADcIBGE

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. PNADcIBGE — Downloading, Reading and Analyzing PNADC Microdata Report bugs for this package: https://github.com/Gabriel-Assuncao/PNADcIBGE/issues
R
19
star
26

Ckmeans.1d.dp

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. Ckmeans.1d.dp — Optimal, Fast, and Reproducible Univariate Clustering
C++
18
star
27

recommenderlab

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. recommenderlab — Lab for Developing and Testing Recommender Algorithms. Homepage: https://github.com/mhahsler/recommenderlab Report bugs for this package: https://github.com/mhahsler/recommenderlab/issues
R
17
star
28

GWmodel

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. GWmodel — Geographically-Weighted Models. Homepage: http://gwr.nuim.ie/
R
17
star
29

tm

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. tm — Text Mining Package. Homepage: https://tm.r-forge.r-project.org/
R
16
star
30

seewave

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. seewave — Sound Analysis and Synthesis. Homepage: https://rug.mnhn.fr/seewave/
R
16
star
31

bayesm

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. bayesm — Bayesian Inference for Marketing/Micro-Econometrics
C++
16
star
32

rattle

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. rattle — Graphical User Interface for Data Science in R. Homepage: https://rattle.togaware.com/
R
16
star
33

quantreg

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. quantreg — Quantile Regression. Homepage: https://www.r-project.org
Fortran
16
star
34

sensitivity

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. sensitivity — Global Sensitivity Analysis of Model Outputs
R
16
star
35

plm

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. plm — Linear Models for Panel Data. Homepage: https://cran.r-project.org/package=plm (CRAN releases), https://github.com/ycroissant/plm (development repository) Report bugs for this package: https://github.com/ycroissant/plm/issues
R
16
star
36

irace

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. irace — Iterated Racing for Automatic Algorithm Configuration. Homepage: https://mlopez-ibanez.github.io/irace/, https://github.com/MLopez-Ibanez/irace Report bugs for this package: https://github.com/MLopez-Ibanez/irace/issues
R
16
star
37

sequenza

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. sequenza — Copy Number Estimation from Tumor Genome Sequencing Data. Homepage: https://sequenzatools.bitbucket.io, Mailing list: https://groups.google.com/forum/#!forum/sequenza-user-group Report bugs for this package: https://bitbucket.org/sequenzatools/sequenza/issues
R
16
star
38

PopGenome

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. PopGenome — An Efficient Swiss Army Knife for Population Genomic Analyses
R
16
star
39

mlogit

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. mlogit — Multinomial Logit Models. Homepage: https://cran.r-project.org/package=mlogit, https://r-forge.r-project.org/projects/mlogit/
R
16
star
40

jvmr

Integration of R, Java, and Scala
R
15
star
41

SNFtool

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. SNFtool — Similarity Network Fusion
R
15
star
42

mclust

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. mclust — Gaussian Mixture Modelling for Model-Based Clustering, Classification, and Density Estimation. Homepage: https://mclust-org.github.io/mclust/
R
15
star
43

Matrix

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. Matrix — Sparse and Dense Matrix Classes and Methods. Homepage: https://Matrix.R-forge.R-project.org Report bugs for this package: https://R-forge.R-project.org/tracker/?atid=294&group_id=61
C
15
star
44

ecospat

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. ecospat — Spatial Ecology Miscellaneous Methods. Homepage: http://www.unil.ch/ecospat/home/menuguid/ecospat-resources/tools.html Report bugs for this package: https://github.com/ecospat/ecospat
R
15
star
45

ggpmisc

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. ggpmisc — Miscellaneous Extensions to 'ggplot2'. Homepage: https://docs.r4photobiology.info/ggpmisc/, https://github.com/aphalo/ggpmisc Report bugs for this package: https://github.com/aphalo/ggpmisc/issues
R
14
star
46

exams

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. exams — Automatic Generation of Exams in R. Homepage: https://www.R-exams.org/ Report bugs for this package: https://www.R-exams.org/contact/
R
14
star
47

BTYD

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. BTYD — Implementing BTYD Models with the Log Sum Exp Patch Report bugs for this package: https://github.com/ghuiber/BTYD/issues
HTML
14
star
48

MCMCpack

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. MCMCpack — Markov Chain Monte Carlo (MCMC) Package. Homepage: https://CRAN.R-project.org/package=MCMCpack
C++
13
star
49

BART

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. BART — Bayesian Additive Regression Trees
C++
13
star
50

openair

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. openair — Tools for the Analysis of Air Pollution Data. Homepage: https://davidcarslaw.github.io/openair/ Report bugs for this package: https://github.com/davidcarslaw/openair/issues
R
13
star
51

GOplot

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. GOplot — Visualization of Functional Analysis Data. Homepage: https://github.com/wencke/wencke.github.io Report bugs for this package: https://github.com/wencke/wencke.github.io/issues
HTML
13
star
52

congressbr

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. congressbr — Downloads, Unpacks and Tidies Legislative Data from the Brazilian Federal Senate and Chamber of Deputies
R
12
star
53

uplift

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. uplift — Uplift Modeling
R
12
star
54

clickstream

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. clickstream — Analyzes Clickstreams Based on Markov Chains
R
12
star
55

hsdar

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. hsdar — Manage, Analyse and Simulate Hyperspectral Data
Fortran
12
star
56

arules

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. arules — Mining Association Rules and Frequent Itemsets. Homepage: https://github.com/mhahsler/arules Report bugs for this package: https://github.com/mhahsler/arules/issues
R
12
star
57

FactoMineR

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. FactoMineR — Multivariate Exploratory Data Analysis and Data Mining. Homepage: http://factominer.free.fr Report bugs for this package: https://github.com/husson/FactoMineR
R
12
star
58

ElemStatLearn

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. ElemStatLearn — Data Sets, Functions and Examples from the Book: "The Elements of Statistical Learning, Data Mining, Inference, and Prediction" by Trevor Hastie, Robert Tibshirani and Jerome Friedman. Homepage: http://www-stat.stanford.edu/~tibs/ElemStatLearn/
R
12
star
59

rmgarch

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. rmgarch — Multivariate GARCH Models. Homepage: http://www.unstarched.net, https://github.com/alexiosg/rmgarch
R
11
star
60

PerformanceAnalytics

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. PerformanceAnalytics — Econometric Tools for Performance and Risk Analysis. Homepage: https://github.com/braverock/PerformanceAnalytics
R
11
star
61

PhViD

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. PhViD — PharmacoVigilance Signal Detection
R
11
star
62

tuneR

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. tuneR — Analysis of Music and Speech
C
11
star
63

depmixS4

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. depmixS4 — Dependent Mixture Models - Hidden Markov Models of GLMs and Other Distributions in S4. Homepage: https://depmix.github.io/
R
11
star
64

gamlss

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. gamlss — Generalised Additive Models for Location Scale and Shape. Homepage: https://www.gamlss.com/
R
11
star
65

bfast

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. bfast — Breaks for Additive Season and Trend. Homepage: https://bfast2.github.io/ Report bugs for this package: https://github.com/bfast2/bfast/issues
R
11
star
66

deSolve

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. deSolve — Solvers for Initial Value Problems of Differential Equations ('ODE', 'DAE', 'DDE'). Homepage: http://desolve.r-forge.r-project.org/
Fortran
11
star
67

BiodiversityR

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. BiodiversityR — Package for Community Ecology and Suitability Analysis. Homepage: http://www.worldagroforestry.org/output/tree-diversity-analysis
R
11
star
68

surveillance

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. surveillance — Temporal and Spatio-Temporal Modeling and Monitoring of Epidemic Phenomena. Homepage: https://surveillance.R-Forge.R-project.org/
R
11
star
69

Synth

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. Synth — Synthetic Control Group Method for Comparative Case Studies. Homepage: https://web.stanford.edu/~jhain/
R
11
star
70

copula

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. copula — Multivariate Dependence with Copulas. Homepage: https://copula.r-forge.r-project.org/, https://r-forge.r-project.org/projects/copula/, https://CRAN.r-project.org/package=copula Report bugs for this package: https://r-forge.r-project.org/tracker/?func=add&group_id=2140&atid=5417
R
10
star
71

splm

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. splm — Econometric Models for Spatial Panel Data
R
10
star
72

ROracle

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. ROracle — OCI Based Oracle Database Interface for R. Homepage: http://www.oracle.com
C
10
star
73

AER

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. AER — Applied Econometrics with R
R
10
star
74

frbs

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. frbs — Fuzzy Rule-Based Systems for Classification and Regression Tasks. Homepage: http://sci2s.ugr.es/dicits/software/FRBS
R
10
star
75

kohonen

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. kohonen — Supervised and Unsupervised Self-Organising Maps
R
10
star
76

zoo

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. zoo — S3 Infrastructure for Regular and Irregular Time Series (Z's Ordered Observations). Homepage: https://zoo.R-Forge.R-project.org/
R
10
star
77

fpc

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. fpc — Flexible Procedures for Clustering. Homepage: https://www.unibo.it/sitoweb/christian.hennig/en/
R
10
star
78

DescTools

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. DescTools — Tools for Descriptive Statistics. Homepage: https://andrisignorell.github.io/DescTools/, https://github.com/AndriSignorell/DescTools/ Report bugs for this package: https://github.com/AndriSignorell/DescTools/issues
R
10
star
79

RODBC

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. RODBC — ODBC Database Access
R
10
star
80

acs

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. acs — Download, Manipulate, and Present American Community Survey and Decennial Data from the US Census. Homepage: http://dusp.mit.edu/faculty/ezra-glenn, http://eglenn.scripts.mit.edu/citystate/, http://mailman.mit.edu/mailman/listinfo/acs-r
R
10
star
81

ape

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. ape — Analyses of Phylogenetics and Evolution. Homepage: http://ape-package.ird.fr/, https://github.com/emmanuelparadis/ape Report bugs for this package: https://github.com/emmanuelparadis/ape/issues
R
10
star
82

arulesSequences

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. arulesSequences — Mining Frequent Sequences
C++
10
star
83

fastcluster

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. fastcluster — Fast Hierarchical Clustering Routines for R and 'Python'. Homepage: http://danifold.net/fastcluster.html
C++
10
star
84

TraMineR

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. TraMineR — Trajectory Miner: a Toolbox for Exploring and Rendering Sequences. Homepage: http://traminer.unige.ch
R
10
star
85

actuar

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. actuar — Actuarial Functions and Heavy Tailed Distributions. Homepage: https://gitlab.com/vigou3/actuar Report bugs for this package: https://gitlab.com/vigou3/actuar/-/issues
R
10
star
86

biomod2

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. biomod2 — Ensemble Platform for Species Distribution Modeling Report bugs for this package: https://github.com/biomodhub/biomod2/issues
R
10
star
87

landsat

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. landsat — Radiometric and Topographic Correction of Satellite Imagery Report bugs for this package: https://github.com/phiala/landsat/issues
R
10
star
88

dismo

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. dismo — Species Distribution Modeling. Homepage: https://rspatial.org/raster/sdm/ Report bugs for this package: https://github.com/rspatial/dismo/issues/
R
10
star
89

RHRV

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. RHRV — Heart Rate Variability Analysis of ECG Data. Homepage: http://rhrv.r-forge.r-project.org/
R
10
star
90

speedglm

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. speedglm — Fitting Linear and Generalized Linear Models to Large Data Sets
R
9
star
91

hdm

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. hdm — High-Dimensional Metrics
R
9
star
92

TSclust

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. TSclust — Time Series Clustering Utilities. Homepage: http://www.jstatsoft.org/v62/i01/
R
9
star
93

Boom

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. Boom — Bayesian Object Oriented Modeling
C++
9
star
94

sommer

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. sommer — Solving Mixed Model Equations in R
HTML
9
star
95

edgar

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. edgar — Tool for the U.S. SEC EDGAR Retrieval and Parsing of Corporate Filings
R
9
star
96

geoR

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. geoR — Analysis of Geostatistical Data. Homepage: http://www.leg.ufpr.br/geoR/
R
9
star
97

UpSetR

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. UpSetR — A More Scalable Alternative to Venn and Euler Diagrams for Visualizing Intersecting Sets. Homepage: http://github.com/hms-dbmi/UpSetR Report bugs for this package: http://github.com/hms-dbmi/UpSetR/issues
R
9
star
98

neuralnet

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. neuralnet — Training of Neural Networks. Homepage: https://github.com/bips-hb/neuralnet Report bugs for this package: https://github.com/bips-hb/neuralnet/issues
R
9
star
99

glinternet

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. glinternet — Learning Interactions via Hierarchical Group-Lasso Regularization. Homepage: http://web.stanford.edu/~hastie/Papers/glinternet_jcgs.pdf
C
9
star
100

randomForestSRC

❗ This is a read-only mirror of the CRAN R package repository. randomForestSRC — Fast Unified Random Forests for Survival, Regression, and Classification (RF-SRC). Homepage: https://www.randomforestsrc.org/ https://ishwaran.org/ Report bugs for this package: https://github.com/kogalur/randomForestSRC/issu ...
C
9
star